АО «Желдоравтоматизация» основано 25 апреля 1994 года в Москве (первоначально — АОЗТ «Желдоравтоматизация»).
В период с 1999 по 2004 год Общество концентрирует свою деятельность на предоставлении комплексных услуг для железнодорожного транспорта России и стран СНГ, содействуя капитальному строительству и развитию систем централизации управления стрелками и сигналами, систем интервального регулирования, диспетчерского управления, электрификации и т.д.
С 2003 по 2007 год Общество удостаивается ряда национальных премий, международных и российских наград и номинаций, среди которых:
- Сертификат «Бизнес-лидер» Высшего института Бизнеса и Управления INSAM (Швейцария);
- Диплом «Налогоплательщик года 2007;
- Премия «Партнер ОАО «РЖД»;
- Диплом «Золотой сертификат качества»;
- Диплом «За вклад в ВВП России»;
- Диплом «Лучшая компания 2006».
В 2006 году Общество по результатам конкурсного отбора становится головным дилером ОАО «ЭЛТЕЗА» по поставке оборудования ЖАТ (железнодорожная автоматика и телемеханика) для железных дорог стран СНГ и Балтии.
В 2006-2007 годах Общество принимает участие во внешних тендерах и осуществляет прямые экспортные поставки устройств сигнализации, централизации, блокировки (СЦБ) и связи в Казахстан, Узбекистан, Украину, Белоруссию, Грузию, Молдову, Литву, Латвию.
В 2008-2009 годах Общество значительно расширяет круг своих поставщиков и потребителей в России и ближнем зарубежье. К странам экспортных поставок добавляется: Чехия, Венгрия, Словакия, Болгария, Финляндия, Таджикистан, и Армения. Налаживается сотрудничество с транснациональной корпорацией China Railway Signal & Communication Shanghai Engineering Group Co.,Ltd. (CRSCS) (Китай), а также с подрядной организацией и проектировщиками по обустройству «Новой железнодорожной линии Обская-Бованенково» полуострова Ямал.
В 2010 году принимаются первые попытки наладить взаимовыгодное сотрудничество с Министерством железнодорожного транспорта Туркменистана и Министерством путей сообщения Ирана.
В 2011 году Общество значительно расширяет клиентскую базу по России и ближнему зарубежью. За счет гибкой финансовой политики укрепляются внешнеэкономические связи, что приводит к увеличению объема закупок в 2012 году.
В 2013 году Общество выходит на открытый тендер по поставке оборудования автоматики и телемеханики движения поездов (электрическая централизация) для строящихся объектов Московского Метрополитена. Поставка оборудования по данному проекту ведется по сей день.
В 2014 году увеличение курса Евро и Доллара к рублю позволяет увеличить объемы экспортных поставок в страны ближнего зарубежья, что влечет за собой новое развитие направления под названием «Территория 1520», которое охватывает рынок стран Таможенного Союза и другие экспортные рынки.
В 2015 году Общество продолжает расширять клиентскую базу российских потребителей и продвигается на Дальний восток, в результате чего в 2015 году реализуется крупный проект по строительству подъездного железнодорожного пути ТЭЦ и станции Мыс Марии. Полностью строительство завершается в третьем квартале 2016 года.
В 2016 году Закрытое Акционерное Общество (ЗАО) «Желдоравтоматизация» переименовывается в Акционерное общество (АО) «Желдоравтоматизация».
Также в 2016 году Общество заключает прямой контракт на поставку оборудования СЦБ для нужд ГУП «Московский Метрополитен», а также принимает участие в аналогичном тендере по потребности 2017 г. Впоследствии этот контракт заключается. В этом же году осуществляется поставка продукции для строительства новой станции Терминал предприятия АО «Дальтрансуголь», входящей в ПАО «Сибирская угольная энергетическая компания», что позволяет Обществу значительно увеличить объемы отгружаемой продукции.
В 2017 году Общество совместно с ОАО «ЭЛТЕЗА» становится постоянным участником международного железнодорожного салона «ЭКСПО 1520». Это уникальная и единственная специализированная выставка техники и технологий на пространстве «широкой» колеи и единственная в Европе, имеющая стратегическое значение в развитии отрасли нашей страны и усиление международных отношений.
В 2018 году Общество вновь подтверждает аккредитацию дилера у ОАО «ЭЛТЕЗА».